大批官员的落马，导致本就缺人的朝廷，出现了许多的空位。

尤其是是五品以下的朝官，可以说所剩无几，甚至于六科的官员加起来都只有五个了。

朱由校也正好借着这次机会，开始将皇明学院，以及北直隶学堂的学子贡生，安排进了朝廷。

随后便开始了着手制度的改革。

羽林军的后勤司和参谋司，正式成为了朝廷的衙门，不只是军队中的编制了。

并正式成立了军部，与六部一样独立出来，直接对皇帝负责。

规章制度以及军权的划分也非常细致。

兵部的兵权正式被剥夺，从此以后，兵部再也没有管辖军队的权力，包括武举以及练兵权。

基本上是恢复到了洪武年间的规划，兵部只有核实军功，以及对于军队增减规划的权力。

其它的则都被划分给了军部，军部的官员也不在是文官担任，而是由立有战功，老成稳重的武将来担任。

并且效彷了汉朝的重号将军制度，凡是在军部任职的，都会挂上新增的前后左右称号的将军印。

官职定为正二品，与六部的尚书相比，不管是职责还是地位，都是相当的。

同时也刚好是四个人，同等地位同等权力，防止像内阁一样，搞出个首辅次辅的先后顺序来，一家独大。

当然了，他们也是没有兵权的，他们就类似于内阁一般，专门协助辅左皇帝，处理军队以及国防等诸多事务。

相当于皇帝的军事秘书，只有参议权而没有决定权。

而参谋司和后勤司，也是划归给了军部管辖。

户部拨发的军费钱粮，直接与后勤司进行对接，不在经过兵部之手，一定程度上保证了贪污最小化。

更重要的是，文官与武将之间的关系，不在是上下级了，而是平等的。

不管是边军，还是名存实亡的五军都督府，直接隶属于军部节制管辖。

众所周知，自诩清高的文官士大夫们，向来是瞧不起武将的。

朱由校这样的安排，也是怕武将们领着兵马在外面拼命，后勤得不到保障。

军队被文官们利用职权或是一些名义，卡着脖子的事，历朝历代都是有的。

而武将的升迁以及调度，这是大事，则要军部和兵部两方拍板，才能有效，这是朱由校有意为之。

此项改革制度一出，再次在朝廷引起了轩然大波。

反应最为激烈的，自然是兵部了，就连王在晋都不澹定了。

不止是兵部的官员，就连其他各部的官员，也是纷纷找他探听消息。

满朝的官员，谁不知道他王在晋是皇帝最为信赖倚仗的大臣

毫无意外，多数的官员，都没有得到王在晋的好脸色，不是被赶了出来就是在外面喝西北风。

“大司马，您得陛下信重，当速速入宫觐见，劝谏陛下尽快收回圣旨才是。”

“是啊，按照陛下圣旨所说，军部如果真的设立了，那还有兵部什么事？”

“我等官员，岂不成了无用之人？”

兵部的官员们一个个急不可耐，只能来劝说王在晋，去阻止皇帝的行动。

可身为尚书的他，此时难道就没有危机感？

他现在的心情，是最为糟糕的，比任何人都要烦躁。

这可是直接削了他手中的权力啊。

就如自己属下所说的那般，军部一旦真的成立，他这个兵部尚书就将形同摆设。

但他清楚皇帝是一个怎样的人，向来是说一不二，决定了的事别说阻止，就是折扣都打不下来。

幸好自己还是内阁大学士，还不至于沦落为一个无实权的摆设。

此时的王在晋，也只能以此在心中默默的安慰自己了。

可他这一整天下来，依然是魂不守舍，根本无心处理事务。

临近下值时，与他颇熟的魏忠贤，突然到来。

“大司马看起来有心事啊。”

魏忠贤刚一进来就注意到了王在晋的神情。

他虽是个粗人，没文化，可好歹五十多岁了，在这宫中也好几十年了。

这察言观色的眼力见，自然是异于常人的，一眼就看出他是为何犯愁。

得魏忠贤发问，王在晋不想表露太多，强颜欢笑的回道：

“朝廷事务繁重，兵事政事本官都要定夺处理，自然是有些忧愁的。”

“你我二人的关系也算不错，又都是为万岁爷办事，大司马就不要拿这种搪塞之语来湖弄咱家了。”

“万岁爷猜测你今日的心情必定不好，特意让咱家来通报你一声，万岁爷在乾清宫等着你呢。”

一听皇帝召见自己，本无精打采的王在晋，立刻就来了精神。

看来陛下还是信重倚仗于我，我王在晋依然是朝廷重臣。

“那就烦请厂公了。”

王在晋不同于其他文人士大夫，在太监和武将们面前，并没有像其他人一样有这么大的优越感。

对于他来说，权力和功绩才是最重要的，而且也有自己的傲气和底线。

否则历史上的他，也不会公然与身为帝师，地位崇高，且有东林党人支持